Analisi genomica del Sars-Cov-2 dal Cnr: un team di ricercatori dell’Istituto di biomembrane, bioenergetica e biotecnologie molecolari del Consiglio nazionale delle ricerche (Cnr-Ibiom) di Bari, dell’Universita’ Aldo Moro di Bari e del Dipartimento di bioscienze dell’Universita’ Statale di Milano ha recentemente sviluppato un nuovo strumento software per facilitare l’analisi del genoma del coronavirus SARS-CoV-2, l’agente patogeno che causa il COVID-19.

SARS-CoV-2, lo studio Cnr e’ stato pubblicato sulla rivista Bioinformatics

Durante la pandemia sono stati sequenziati e resi disponibili piu’ di 400 mila sequenze genomiche appartenenti a differenti ceppi del patogeno isolati in diverse regioni del mondo.

L’analisi di questa mole di dati ha richiesto lo sviluppo di nuovi strumenti e metodi informatici dedicati.

Per contribuire a rispondere a queste esigenze, gli autori dello studio hanno sviluppato CorGAT (Coronavirus Genome Analysis Tool), uno strumento dotato di un’interfaccia web che ne facilita l’utilizzo e accessibile a tutta la comunita’ scientifica.

“CorGAT consente di confrontare le sequenze di uno o piu’ virus in pochi secondi ed esegue in maniera rapida e veloce l’annotazione funzionale del genoma di SARS-CoV-2, un processo che e’ in grado di identificare le principali differenze tra i genomi di diversi ceppi del virus e di predirne le possibili implicazioni funzionali”, afferma Graziano Pesole del Cnr-Ibiom.

“Lo strumento e’ stato sviluppato per incorporare la maggiore quantita’ di informazioni possibile e integra una serie di risorse e sistemi originali per l’annotazione del genoma.

Allo stato attuale CorGAT e’ probabilmente il piu’ aggiornato e accurato sistema per eseguire questo tipo di analisi”.

Con CorGAT Cnr in grado di definire aree con maggiori mutazioni del genoma di SARS-CoV-2

Applicando CorGAT a piu’ di 50.000 sequenze genomiche, gli autori dello studio sono stati in grado di delineare le dinamiche evolutive di SARS-CoV-2 e di individuare le regioni del genoma che accumulano piu’ mutazioni.

“La parte piu’ variabile del genoma di SARS-CoV-2 e’ associata a un elemento di struttura secondaria noto come s2m, che in questo coronavirus sembra avere una struttura meno efficiente e definita rispetto a quella osservata in altri virus dello stesso tipo”, continua Pesole.

“Benche’ le implicazioni funzionali di queste osservazioni non siano completamente chiare e’ indubbio che l’applicazione su larga scala di CorGAT e di strumenti simili facilitera’ lo studio dei possibili effetti delle nuove varianti nel genoma di SARS-CoV-2, contribuendo indirettamente anche alla progettazione di farmaci e vaccini”.

La rapida identificazione di ceppi virali emergenti o di varianti genetiche potenzialmente associate a nuove caratteristiche e’ uno degli obiettivi piu’ importanti della “sorveglianza genomica”: lo studio del genoma dei patogeni, e si applica, ad esempio, per l’identificazione e caratterizzazione delle cosiddette “nuove varianti del virus”, venute recentemente alla ribalta.

“La sorveglianza genomica rappresenta una delle prime linee di difesa per il controllo della diffusione dei patogeni umani ed e’ una risorsa fondamentale per lo sviluppo di terapie e vaccini”, conclude il ricercatore Cnr-Ibiom.

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Agenzia Dire